Перечень и особенности обитания видов животных и особо охраняемых животных.

Ничем не уступают растениям в количественном отношении и животные. На территории заповедника отмечено 3 вида земноводных – жаба зеленая, лягушка озерная, чесночница, 8 видов пресмыкающихся - черепаха болотная, ящерица прыткая, уж обыкновенный, уж водяной, полоз желтобрюхий, полоз четырехполосый, полоз узорчатый и степная гадюка. Птицы являются самой многочисленной в видовом и количественном отношении группой из позвоночных, встречающихся  в районе заповедника. Так как пернатые очень чутко реагируют на процессы, происходящие в окружающей среде, уменьшением, или наоборот, увеличением ареала распространения, плотностью гнездования, плодовитостью и другими показателями, то очень часто они становятся индикаторами состояния окружающей среды. Согласно данным на территории заповедника  и прилегающих землях было отмечено около 217 видов птиц, из них около 127 гнездится в этом районе, а 61 вид  наблюдается здесь во время пролетов и кочевок, 16 видов зимующих (снегирь, свиристель, чиж, рогатый жаворонок). Представителей класса млекопитающих  здесь насчитывается более 50 видов. Они относятся к 7 отрядам:

1.                  Насекомоядные ежи (обыкновенный, ушастый);

2.                  Рукокрылые-вечерница рыжая, средиземноморский нетопырь;

3.                  Хищные-волк, лисица, енотовидная собака, хорь-перевязка;

4.                  парнокотытные - сайгак, в 60-е годы отмечались заходы косуль и лосей;

5.                  непарнокопытные - на острове Водный обитают одичавшие домашние лошади, около 200 голов;

6.                  Зайцеобразные – заяц - русак;

7.                  Грызуны - суслик малый, тушканчик большой, мышь лесная.

Более богат видами список редких животных. Беспозвоночные пока изучены слабо и многие редкие виды здесь пока не исследованы. Из насекомых, включенных в Красную книгу РФ, точно известно нахождение в окружающих степях степной дыбки, венгерской жужелицы, армянского и степного шмелей и т.д. Из редких насекомых, которые были включены в первое издание Красной книги РФ, в степях обитают боливария короткокрылая, аскалаф пестрый. Среди позвоночных, обитающих в районе озера Маныч-Гудило, в Красной книге России имеются только птицы и млекопитающие. Большим количеством видов из Красной книги РФ в районе заповедника представлены пернатые. Размножаются, встречаются во время кочевок, пролетов или залетают сюда случайно розовый и кудрявый пеликаны, малый баклан, фламинго, колпица, красавка, дрофа, черноголовый хохотун, филин, малая крачка и т.д.

Организация заповедника с охранной зоной положительно повлияла на восстановление природных экосистем на его территории. Возросло количество кочующих и пролетных особей журавля-красавки, серого гуся, белолобой и краснозобой казарок и ряда других птиц, что, вероятно, связано с созданием здесь зоны покоя.